בצה"ל ובשב"כ מסרו כי גורלו של אבו אסמאעיל טרם התברר וכי תוצאות התקיפה עדיין נבדקות. מחמוד בסל, דובר שירות ההגנה האזרחית בעזה המופעל בידי חמאס, טען כי התקיפה פגעה במחלקת הכירורגיה של בית החולים.
לפי דיווח ב-The Times of Israel, בצה"ל ובשב"כ ציינו כי חמאס הקים מפקדה בשטח בית החולים, שבה אחסנו מחבלים אמצעי לחימה, ביצעו "חקירות ועינויים" והפעילו עמדות תצפית. גורמי הצבא הדגישו כי אבו אסמאעיל הכווין את מחבלי החטיבה לפעולות נגד כוחות צה"ל ואזרחים והחזיק בחטופים רבים במהלך המלחמה, לאחר שהחליף את קודמו שחוסל בידי ישראל בספטמבר. בצבא דיווחו כי ניתנו אזהרות מוקדמות ונעשה שימוש בחוזי אווירי ובחימושים מדויקים כדי לצמצם פגיעה באזרחים בלתי מעורבים.
על פי הדין הבינלאומי, בתי חולים עשויים לאבד את מעמדם המוגן אם נעשה בהם שימוש למטרות צבאיות, כך צוין בדיווח של The Times of Israel. חטופים ישראלים העידו כי הוחזקו בשבי בבית החולים נאצר בח'אן יונס, ומפקד בכיר בחמאס נהרג במתחם זה בשנה שעברה. נוסף על כך, ארגון הסיוע "רופאים ללא גבולות" השעה מוקדם יותר השנה פעילויות שאינן חיוניות במתחם עקב נוכחותם של חמושים, בעוד רופא ששימש דובר בית החולים ציין בעבר כי הג'יהאד האסלאמי איים עליו לאחר שסירב לאפשר לפעיליו להשתמש במתקן.