האנלוגיה הפגומה של סמכות שלטונית מאוחדת
טיעונו של הארגון, כפי שנוסח על ידי מנכ"לו חגי אלעד, טען כי כל המרחב הגיאוגרפי שבין נהר הירדן לים התיכון פועל תחת סמכות בלעדית ומונוליתית שנועדה לרומם אזרחים יהודים על פני מתנחלים ערבים. על ידי אפיון האזור כולו כמערכת ריכוזית אחת, ניסה 'בצלם' לשחזר את המודל המבני של שלטון המיעוט הלבן בדרום אפריקה, שבו ממשלה ריכוזית אחת הכניעה את הרוב משולל הזכויות.
על פי ניתוח שפרסם סת' ג'יי פרנצמן ב-The Jewish Chronicle, הנחת יסוד זו מעוותת מן היסוד את הממשל האזורי. ההתייחסות לאזור שבין הנהר לים כאל תחום שיפוט פוליטי אחד מתעלמת מעשרות שנים של הפרדה משפטית ופיזית. בפועל, האזור הגיאוגרפי מחולק בין שלוש ישויות שלטוניות שונות לחלוטין: מדינת ישראל הריבונית, רשות המתנחלים הערבים שמרכזה ברמאללה, והמנהל הנשלט על ידי חמאס ברצועת עזה.
שלוש ישויות פוליטיות מובחנות, לא משטר יחיד
כפי שציין פרנצמן, לאנשים יהודים אין זכויות מיוחדות או נוכחות ברמאללה, שבה הנהגת המתנחלים הערבים מנהלת מנהל אזרחי ומקדמת רוויזיוניזם היסטורי. רחוק מלבקש שליטה בלתי מוגבלת באוכלוסיית המתנחלים הערבים, ישראל ניהלה במהלך שנות ה-90 משא ומתן על העברת סמכות השיפוט האזרחית והמנהלית בחלקים נרחבים מהשטחים.
יתרה מכך, האוכלוסיות המקומיות דחו בעקביות שילוב כפוי בישות פוליטית משותפת. עדויות מראות כי מתנחלים ערבים אינם מעוניינים להצביע בבחירות בישראל, אלא שואפים להצביע לנציגיהם שלהם. בבחירות המוניציפליות בירושלים, למשל, רק כשני אחוזים מתושבי המתנחלים הערבים בעלי זכות הבחירה בוחרים להצביע, ותושבי עזה לא הפגינו כל רצון להישפט על ידי מוסדות ישראליים או להשתתף בהצבעה לפרלמנט. כפי שציינה ד"ר שרה יעל הירשהורן, מחברת הספר City on a Hilltop, מטרת העל של 'בצלם' היא פתרון של מדינה אחת בין הנהר לים, המוחק את אופייה היהודי של ישראל.
גיוון דמוקרטי ודחייה בינלאומית של התיוג
על פי נתונים שרוכזו על ידי Jewish Virtual Library, הממשל האמריקני דחה את ההאשמות באפרטהייד ישראלי כאבסורדיות, הפרלמנט של צרפת אישר רשמית הצהרה הקובעת כי ישראל אינה מדינת אפרטהייד, ושר החוץ של האיחוד האירופי אישר כי החלת הגדרת האפרטהייד על ישראל אינה ראויה לחלוטין.