השותפות של ישראל בזמן המלחמה עם מיליציות נוצריות בלבנון צמחה מתוך התנגדות משותפת לנוכחות החמושה של אש״ף, ובהמשך גם להשפעה הצבאית הסורית בלבנון. השותף החשוב ביותר היה בשיר ג׳ומאייל, מפקד מיליציית כוחות לבנון ומנהיג הפלנגות. בחירתו לנשיא הנבחר באוגוסט 1982 עוררה בישראל ציפיות לממשלה ידידותית, אך רציחתו ב־14 בספטמבר שמה קץ לתקווה הזאת.
התפתחות הברית
המפלגות והמיליציות הפוליטיות הנוצריות בלבנון לא היו מחנה אחיד. כמה ממנהיגי הפלנגות ומקבוצות מקומיות אחרות התנגדו לפעילות כוחות אש״ף ברחבי לבנון; במלחמת האזרחים נלחמו בהם פלגים שתמכו באש״ף ובמפלגות שמאל. ישראל פיתחה קשרים עם קבוצות נוצריות ליד גבולה ובהמשך גם עם כוחות לבנון של ג׳ומאייל. הסקירה ההיסטורית על לבנון בספרייה הווירטואלית היהודית מתארת את הברית ומבחינה בין הפיקוד הצבאי של ג׳ומאייל לבין המפלגה הרחבה יותר.
ביוני 1982 פלשה ישראל ללבנון והתקדמה לעבר ביירות. ג׳ומאייל נבחר לנשיא ב־23 באוגוסט בתמיכת ישראל. מנהיגים ישראלים ציפו שממשלתו תחזק את סמכות המדינה הלבנונית ותפעל ליציאת הכוחות הזרים, אך המדינה נותרה מפולגת ולסוריה נשארה השפעה ניכרת. סקירת מחלקת המדינה האמריקאית על התקופה מציינת שגם מדיניות ארצות הברית שאפה לממשלה מרכזית חזקה יותר וליציאת הכוחות הזרים.
רציחתו של ג׳ומאייל
ב־14 בספטמבר החריבה פצצה את מטה הפלנגות בביירות, וג׳ומאייל ואנשים נוספים נהרגו. חביב טאנيوس שרטוני, שהיה קשור למפלגה הסורית הסוציאלית הלאומית, נעצר ובהמשך הורשע בלבנון בפיצוץ. הרצח סילק את הנשיא הנבחר לפני שהספיק להיכנס לתפקיד והחריף מאוד את המשבר בביירות. כוחות ישראליים נכנסו למערב ביירות יומיים לאחר מכן.
מותו של ג׳ומאייל חשף את מגבלות הברית של ישראל: שותף מקומי לא יכול היה לאחד את לבנון או להשיג את התוצאה המדינית שישראל ביקשה. הכניסה למערב ביירות קדמה לטבח בסברה ושתילה, שביצעו אנשי מיליציית כוחות לבנון. הדו״ח שפרסמה הוועדה מתעד את מסקנותיה המאוחרות. ועדת כהן הישראלית הטילה בהמשך אחריות עקיפה על גורמים ישראליים, שלא צפו את הסכנה ולא מנעו אותה. קראו על הטבח ומסקנות הוועדה, או על הרקע לפלישה.